故事发生在未来时代,由于宇宙战乱不断,大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人专门对付外星人的特殊警察,他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。
这次,他们发现的是邪恶的外星人对地球采取的秘密入侵和破坏的计划。于是,他们决心与外星人做拼死一战。战斗打响后才发现,敌人是破坏力极强的虫类怪兽。
本片根据洛厄尔·坎宁翰(Lowell Cunningham)的同名漫画改编而成,制作人沃尔特·F·帕克斯和劳里·麦克唐纳于1992年买下版权,并找到爱德·索罗门编写剧本,两人希望影片能尽量忠于原著。成功执导《亚当斯一家》和《亚当斯一家的价值观》的巴里·索南菲尔德起初因《矮子当道》而无暇出任本片导演,帕克斯和麦克唐纳随即找到重拍《34街奇迹》的莱斯·梅菲尔德,不过在看过该片之后,两人又认为梅菲尔德不适合执导本片,只好为争取索南菲尔德而推迟拍摄。
本片剧本初稿的创作采取了保密措施,故事发生地也由堪萨斯州改为华盛顿特区和内华达州。索南菲尔德最终决定让影片故事在纽约城展开,因为他认为纽约人能够容忍行为怪异的外星人,而且城中的很多建筑都与飞碟和火箭飞船相像。在设计MIB总部时,艺术指导博·维尔奇充分借鉴了芬兰建筑师埃罗·沙里宁(Eero Saarinen)为肯尼迪国际机场设计的航站楼,因为MIB成立于60年代,所以维尔奇采用了当时的建筑风格。
片中多数特效由工业光魔完成,领导特效小组的里克·贝克称本片是他从业以来接拍过的最复杂的电影,因为他必须将导演索南菲尔德和监制史蒂文·斯皮尔伯格的想法充分融合。本片于1996年3月开拍,剧组直到五个月后才发现结尾不够精彩,随即进行了大量修改,贝克也放弃了昆虫外星人的电子模型,转而采用电脑特效。